JavaFX में, GUI एप्लिकेशन एक सीन ग्राफ का उपयोग करके बनाए जाते हैं। एक सीन ग्राफ आधुनिक ग्राफिकल एप्लिकेशन में ट्री के समान एक डेटा संरचना है। यह एप्लिकेशन का प्रारंभिक बिंदु है, और यह नोड्स का एक संग्रह है।
JavaFX में कुछ प्रदर्शित करने के लिए आपको नोड्स का उपयोग करके एक सीन ग्राफ बनाना होगा और इसे Stage क्लास के ऑब्जेक्ट पर सेट करना होगा, जो JavaFX एप्लिकेशन का शीर्ष स्तर का कंटेनर है।
एक नोड JavaFX एप्लिकेशन का एक दृश्य/ग्राफिकल प्रिमिटिव ऑब्जेक्ट है।
सीन ग्राफ में प्रत्येक नोड का एक सिंगल पैरेंट होता है, और जिस नोड में कोई पैरेंट नहीं होता उसे रूट नोड के रूप में जाना जाता है।
इसी तरह, प्रत्येक नोड के एक या अधिक चिल्ड्रन होते हैं, और बिना चिल्ड्रन वाले नोड को लीफ नोड कहा जाता है; चिल्ड्रन वाले नोड को ब्रांच नोड कहा जाता है।
एक नोड इंस्टेंस को सीन ग्राफ में केवल एक बार जोड़ा जा सकता है। सीन ग्राफ के नोड्स में इफेक्ट्स, ऑपेसिटी, ट्रांसफॉर्म्स, इवेंट हैंडलर्स, एप्लिकेशन स्पेसिफिक स्टेट्स हो सकते हैं।

JavaFX एप्लिकेशन में javafx.scene.Scene क्लास सीन ग्राफ की सभी सामग्री को रखती है। सीन बनाते समय रूट नोड निर्दिष्ट करना अनिवार्य है।