BLAST एल्गोरिदम को अल्टशुल, गिश, मिलर द्वारा लगभग 1990 में नेशनल सेंटर फॉर बायोटेक्नोलॉजी इंफॉर्मेशन (NCBI) में विकसित किया गया था। BLAST का उपयोग अनुक्रमों के बीच कार्यात्मक और विकासवादी संबंधों को प्राप्त करने और जीन परिवारों के सदस्यों को पहचानने में मदद करने के लिए किया जाता है।
NCBI वेबसाइट में कई सामान्य BLAST डेटाबेस शामिल हैं। उनकी सामग्री के अनुसार, उन्हें न्यूक्लियोटाइड और प्रोटीन डेटाबेस में जोड़ा जाता है। NCBI विशेष BLAST डेटाबेस का भी समर्थन करता है जिसमें वेक्टर स्क्रीनिंग डेटाबेस, कई जीवों के लिए कई जीनोम डेटाबेस, और ट्रेस डेटाबेस शामिल हैं।
BLAST एक अनुमानी दृष्टिकोण का उपयोग करता है ताकि एक क्वेरी अनुक्रम और एक डेटाबेस के बीच सबसे बड़े स्थानीय संरेखण की खोज की जा सके। BLAST तुलना किए जाने वाले अनुक्रमों को खंडों के अनुक्रमों (शब्दों के रूप में परिभाषित) में विभाजित करके खोज की पूरी गति बढ़ाता है और मूल रूप से इन शब्दों के बीच मिलान की तलाश करता है।
BLAST में, शब्दों को k-टुपल्स माना जाता है। DNA न्यूक्लियोटाइड्स के लिए, एक शब्द में आमतौर पर 11 बेस (न्यूक्लियोटाइड्स) शामिल होते हैं, जबकि प्रोटीन के लिए, एक शब्द में आमतौर पर 3 अमीनो एसिड शामिल होते हैं। BLAST पड़ोस (यानी, लगभग मिलान) शब्दों की एक हैश तालिका बनाता है, जबकि "निकटता" के लिए सीमा आंकड़ों पर निर्भर सेट की जाती है। यह सटीक मिलान से पड़ोस शब्दों तक शुरू होता है।
क्योंकि अच्छे संरेखण में कई करीबी मिलान शामिल होने चाहिए, यह तय करने के लिए आंकड़ों का उपयोग कर सकता है कि कौन से मिलान महत्वपूर्ण हैं। हैशिंग द्वारा, यह O(n) (रैखिक) समय में मिलान खोज सकता है। दोनों दिशाओं में मिलान का विस्तार करके, दृष्टिकोण कई उच्च-स्कोरिंग और अधिकतम खंड जोड़े सहित उच्च गुणवत्ता वाले संरेखण की खोज करता है।
BLAST एल्गोरिदम के कई संस्करण और विस्तार हैं। उदाहरण के लिए, MEGABLAST, डिस्कंटीन्यूअस MEGABLAST, और BLASTN सभी न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम को पहचानने के लिए उपयोग किए जा सकते हैं। MEGABLAST विशेष रूप से बहुत समान अनुक्रमों के बीच लंबे संरेखण को कुशलतापूर्वक खोजने के लिए डिज़ाइन किया गया है, और इसलिए क्वेरी अनुक्रम के समान मिलान को खोजने के लिए सबसे अच्छा उपकरण है।
मूल शब्दों की लंबाई, या शब्द आकार, BLAST खोजों की संवेदनशीलता को निर्देशित करने वाले आवश्यक मापदंडों में से एक है। शब्द आकार BLASTN में लचीला है और डिफ़ॉल्ट मूल्य से घटाकर न्यूनतम 7 तक खोज संवेदनशीलता में सुधार किया जा सकता है। इस प्रकार BLASTN, MEGABLAST से बेहतर है अलग-अलग जीवों से संबंधित न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों के संरेखण की खोज में।
मानक प्रोटीन-प्रोटीन BLAST (BLASTP) का उपयोग क्वेरी अमीनो एसिड अनुक्रम को पहचानने और प्रोटीन डेटाबेस में समान अनुक्रमों की खोज के लिए दोनों के लिए किया जाता है। पोजिशन-स्पेसिफिक इटेरेटेड (PSI)-BLAST अधिक संवेदनशील प्रोटीन-समानता खोजों के लिए बनाया गया है। यह बहुत दूर से संबंधित प्रोटीन की खोज के लिए फायदेमंद है।
पैटर्न-हिट इनिशिएटेड (PHI)-BLAST एक सीमित प्रोटीन पैटर्न खोज कर सकता है। यह उपयोगकर्ता द्वारा परिभाषित पैटर्न को शामिल करने वाले प्रोटीन की खोज के लिए बनाया गया है और पैटर्न के निकटता में क्वेरी अनुक्रम के समान हैं।
