BLAST एल्गोरिथम का निर्माण 1990 के आसपास Altschul, Gish, Miller द्वारा नेशनल सेंटर फॉर बायोटेक्नोलॉजी इंफॉर्मेशन (NCBI) में किया गया था। BLAST का उपयोग अनुक्रमों के बीच कार्यात्मक और विकासवादी संबंधों को प्राप्त करने और जीन परिवारों के सदस्यों को पहचानने में मदद करने के लिए किया जाता है।
एनसीबीआई वेबसाइट में कई सामान्य ब्लास्ट डेटाबेस शामिल हैं। उनकी सामग्री के अनुसार, उन्हें न्यूक्लियोटाइड और प्रोटीन डेटाबेस में जोड़ा जाता है। NCBI वेक्टर स्क्रीनिंग डेटाबेस सहित विशिष्ट BLAST डेटाबेस का भी समर्थन करता है, कई जीवों के लिए कई जीनोम डेटाबेस हैं, और डेटाबेस का पता लगाते हैं।
क्वेरी अनुक्रम और डेटाबेस के बीच सबसे बड़ा स्थानीय संरेखण खोजने के लिए BLAST एक अनुमानी दृष्टिकोण का उपयोग करता है। BLAST अनुक्रमों को टुकड़ों के अनुक्रमों (शब्दों के रूप में परिभाषित) में विभाजित करके और मूल रूप से इन शब्दों के बीच मिलान की तलाश करके खोज की पूरी गति को बढ़ाता है।
BLAST में, शब्दों को k-tuples के रूप में माना जाता है। डीएनए न्यूक्लियोटाइड्स के लिए, एक शब्द में आम तौर पर 11 बेस (न्यूक्लियोटाइड्स) शामिल होते हैं, जबकि प्रोटीन के लिए, एक शब्द में आमतौर पर 3 अमीनो एसिड होते हैं। BLAST पड़ोस (यानी, लगभग मेल खाने वाले) शब्दों की हैश तालिका बनाता है, जबकि "निकटता" की सीमा निर्धारित की जाती है जो आंकड़ों पर निर्भर करती है। यह सटीक मिलान से लेकर आस-पड़ोस के शब्दों तक शुरू होता है।
क्योंकि अच्छे संरेखण में कई करीबी मैच शामिल होने चाहिए, यह तय करने के लिए आँकड़ों का उपयोग कर सकता है कि कौन से मैच महत्वपूर्ण हैं। हैशिंग द्वारा, यह ओ (एन) (रैखिक) समय में मैचों की खोज कर सकता है। दोनों दिशाओं में मिलान तक पहुंचकर, दृष्टिकोण कई उच्च-स्कोरिंग और अधिकतम खंड जोड़े सहित उच्च गुणवत्ता संरेखण की खोज करता है।
BLAST एल्गोरिदम के कई संस्करण और विस्तार हैं। उदाहरण के लिए, MEGABLAST, Discontinuous MEGABLAST, और BLASTN सभी का उपयोग न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम को पहचानने के लिए किया जा सकता है। MEGABLAST को विशेष रूप से बहुत ही समान अनुक्रमों के बीच लंबे संरेखण को कुशलता से खोजने के लिए डिज़ाइन किया गया है, और इसलिए क्वेरी अनुक्रम के समान मिलान को खोजने के लिए उपयोग करने के लिए सबसे अच्छा उपकरण है।
BLAST खोजों की संवेदनशीलता को निर्देशित करने वाले आवश्यक मापदंडों में से एक मूल शब्दों की लंबाई, या शब्द का आकार है। BLASTN में शब्द का आकार लचीला है और खोज संवेदनशीलता में सुधार के लिए इसे डिफ़ॉल्ट मान से घटाकर न्यूनतम 7 किया जा सकता है। इस प्रकार विभिन्न जीवों से संबंधित न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों के संरेखण की खोज में BLASTN MEGABLAST से बेहतर है।
मानक प्रोटीन-प्रोटीन ब्लास्ट (BLASTP) का उपयोग क्वेरी अमीनो एसिड अनुक्रम को पहचानने और प्रोटीन डेटाबेस में समान अनुक्रमों की खोज दोनों के लिए किया जाता है। स्थिति-विशिष्ट पुनरावृत्त (PSI) -BLAST उच्च संवेदनशील प्रोटीन-समानता खोजों के लिए बनाया गया है। यह बहुत दूर से संबंधित प्रोटीन की खोज के लिए फायदेमंद है।
पैटर्न-हिट इनिशियेटेड (पीएचआई)-ब्लास्ट सीमित प्रोटीन पैटर्न खोज कर सकता है। यह प्रोटीन की खोज के लिए बनाया गया है जिसमें उपयोगकर्ता द्वारा परिभाषित एक पैटर्न शामिल है और पैटर्न की निकटता में क्वेरी अनुक्रम के समान है।