ibdata1 फ़ाइल श्रिंक नहीं हो सकती, यह MySQL की एक विशेष रूप से परेशानी वाली विशेषता है। ibdata1 फ़ाइल को तभी श्रिंक किया जा सकता है जब आप सभी डेटाबेस डिलीट करें, फ़ाइलें हटाएं और mysqldump रीलोड करें।
हम MySQL को कॉन्फ़िगर कर सकते हैं ताकि प्रत्येक टेबल, उसके इंडेक्स सहित, एक अलग फ़ाइल के रूप में स्टोर हो। यह MySQL के वर्जन 5.6.6 से डिफ़ॉल्ट रूप से इनेबल है।
अपने सर्वर को प्रत्येक टेबल के लिए अलग फ़ाइलें उपयोग करने के लिए सेटअप करने के लिए, हमें इसे इनेबल करने के लिए my.cnf बदलने की आवश्यकता है।

यदि आपका MySQL वर्जन 5.6.6 से नीचे है, तो आपको इसे my.cnf फ़ाइल में जोड़ना होगा।
[mysqld] innodb_file_per_table = 1